SchemaSpy - transmart.biomart

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SchemaSpy


Things that might not be 'quite right' about your schema:

Columns whose name and type imply a relationship to another table's primary key:

Child Column	Implied Parent Column
assay_analysis_data.bio_assay_analysis_id	bio_analysis_cohort_xref.bio_assay_analysis_id
assay_analysis_data.bio_assay_feature_group_id	bio_assay_feature_group.bio_assay_feature_group_id
assay_analysis_data.bio_assay_platform_id	bio_assay_platform.bio_assay_platform_id
assay_analysis_data.bio_asy_analysis_data_id	bio_assay_analysis_data_tea.bio_asy_analysis_data_id
assay_analysis_data.bio_experiment_id	bio_experiment.bio_experiment_id
bio_ad_hoc_property.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_analysis_attribute.bio_assay_analysis_id	bio_analysis_cohort_xref.bio_assay_analysis_id
bio_analysis_attribute_lineage.bio_analysis_attribute_id	bio_analysis_attribute.bio_analysis_attribute_id
bio_assay_analysis.bio_assay_analysis_id	bio_analysis_cohort_xref.bio_assay_analysis_id
bio_assay_analysis_data.bio_asy_analysis_data_id	bio_assay_analysis_data_tea.bio_asy_analysis_data_id
bio_assay_analysis_eqtl.bio_assay_analysis_id	bio_analysis_cohort_xref.bio_assay_analysis_id
bio_assay_data.bio_assay_id	bio_assay.bio_assay_id
bio_assay_data_annotation.bio_assay_feature_group_id	bio_assay_feature_group.bio_assay_feature_group_id
bio_assay_data_annotation.bio_marker_id	bio_marker.bio_marker_id
bio_assay_dataset.bio_assay_id	bio_assay.bio_assay_id
bio_asy_analysis_eqtl_top50.bio_assay_analysis_id	bio_analysis_cohort_xref.bio_assay_analysis_id
bio_asy_data_stats_all.bio_assay_data_stats_id	bio_assay_data_stats.bio_assay_data_stats_id
bio_asy_data_stats_all.bio_assay_dataset_id	bio_assay_dataset.bio_assay_dataset_id
bio_asy_data_stats_all.bio_experiment_id	bio_experiment.bio_experiment_id
bio_cgdcp_data.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_content_reference.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_curated_data.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_data_attribute.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_data_compound.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_data_correlation.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_data_disease.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_data_ext_code.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_data_literature.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_data_literature.bio_lit_ref_data_id	bio_lit_ref_data.bio_lit_ref_data_id
bio_data_observation.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_data_observation.bio_observation_id	bio_observation.bio_observation_id
bio_data_omic_marker.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_data_omic_marker.bio_marker_id	bio_marker.bio_marker_id
bio_data_platform.bio_assay_platform_id	bio_assay_platform.bio_assay_platform_id
bio_data_platform.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_data_taxonomy.bio_data_id	bio_data_uid.bio_data_id
bio_lit_int_model_mv.bio_lit_int_data_id	bio_lit_int_data.bio_lit_int_data_id
bio_species_organism.id	annotation.id
bio_stats_exp_marker.bio_experiment_id	bio_experiment.bio_experiment_id
bio_stats_exp_marker.bio_marker_id	bio_marker.bio_marker_id
cta_results.bio_assay_analysis_id	bio_analysis_cohort_xref.bio_assay_analysis_id
cta_results.bio_marker_id	bio_marker.bio_marker_id
ctd_primary_endpts.id	annotation.id
ctd_sec_endpts.id	annotation.id
genego_gene_map.bio_marker_id	bio_marker.bio_marker_id
gse_analysis.bio_assay_analysis_id	bio_analysis_cohort_xref.bio_assay_analysis_id
gse_analysis.bio_assay_platform_id	bio_assay_platform.bio_assay_platform_id
gse_analysis.bio_experiment_id	bio_experiment.bio_experiment_id
heat_map_results.bio_assay_analysis_id	bio_analysis_cohort_xref.bio_assay_analysis_id
heat_map_results.bio_assay_feature_group_id	bio_assay_feature_group.bio_assay_feature_group_id
heat_map_results.bio_marker_id	bio_marker.bio_marker_id
mesh_copy.ui	mesh.ui
mesh_temp.ui	mesh.ui
mirna_bio_assay_data_annot.bio_assay_feature_group_id	mirna_bio_assay_feature_group.bio_assay_feature_group_id
mirna_bio_marker.bio_marker_id	bio_marker.bio_marker_id
tests.id	annotation.id
tmp_bio_marker.id	annotation.id
tmp_omicsoft_compound.bio_compound_id	bio_compound.bio_compound_id
tmp_omicsoft_compound.bio_experiment_id	bio_experiment.bio_experiment_id

59 instances of anomaly detected

Tables without indexes:

Table	Rows
bio_asy_analysis_data_ext	0
bio_clinical_trial_design	0
bio_cohort_exp_xref	0
bio_data_taxonomy	0
bio_lit_int_model_mv	0
bio_regulome_score	0
bio_species_organism	0
cta_results	0
ctd2_clin_inhib_effect	0
ctd2_disease	0
ctd2_inhib_details	0
ctd2_study	0
ctd2_trial_details	0
ctd_allowed_meds_treatment	0
ctd_biomarker	0
ctd_disease	0
ctd_drug_inhib	0
ctd_full	0
ctd_inclusion_criteria	0
ctd_primary_endpts	0
ctd_sec_endpts	0
ctd_study	0
dd	0
gene_info_test	0
gene_synonym_test	0
genego_gene_map	0
gse_analysis	0
gse_probeset	0
heat_map_results	0
mesh_descriptor	0
mesh_entry	0
mesh_temp	0
mirna_bio_assay_data_annot	0
tests	0
tmp_bio_marker	0
tmp_omicsoft_compound	0
tmp_omicsoft_disease_m1	0
tmp_project_category	0
tmp_project_compound	0
tmp_project_disease	0

40 instances of anomaly detected

Columns that are flagged as both 'nullable' and 'must be unique':

Column
bio_assay_analysis_gwas.bio_assay_analysis_id
bio_assay_analysis_gwas.rs_id
bio_concept_code.bio_concept_code
bio_concept_code.code_type_name
bio_data_observation.bio_data_id
bio_data_observation.bio_observation_id
bio_data_platform.bio_assay_platform_id
bio_data_platform.bio_data_id
bio_marker.organism
bio_marker.primary_external_id
mesh.mn
mirna_bio_marker.organism
mirna_bio_marker.primary_external_id
project_info.file_name
project_info.id
project_info.name

16 instances of anomaly detected

Tables that contain a single column:
Anomaly not detected
Tables with incrementing column names, potentially indicating denormalization:

Table

bio_assay_analysis_data

bio_assay_data_stats

bio_asy_data_stats_all

ctd_td_excl_view

gse_analysis

5 instances of anomaly detected
Columns whose default value is the word 'NULL' or 'null', but the SQL NULL value may have been intended:
Anomaly not detected